Yeni sezon öncesinde birçok takımla görüşen genç futbolcu, Muğla Süper Amatör Lig'de üst üste ikinci şampiyonluğunu yaşamak isteyen Milasspor'a transfer oldu.
2016-2017 sezonunda Muğlaspor ve Yatağanspor formaları altında toplamda 10 maça çıkan 22 yaşındaki futbolcu, 323 dakika sahada kaldı. Fatih Çelebi, Muğlaspor altyapısında oynadığı dönemlerde antrenörlüğünü yapan ve şuanda Milasspor'un teknik sorumlusu olan Güray Ceylan'ın ısrarları sonrasında mor-beyazlı kulüp ile anlaşmaya vardı. Kanatlarda görev yapan Fatih, sürati ve teknik kapasitesi ile ön plana çıkıyor. Genç futbolcunun Muğlaspor ve Ortaca Belediyespor formaları altında attığı 7 golü bulunuyor.